Les pratiques agricoles ont une influence sur la qualité nutritionnelle des produits. La sélection de variétés sur des critères esthétiques ou de production, la cueillette précoce, les processus de transformation ou encore l’appauvrissement de l’alimentation dans les élevages sont critiqués pour leurs effets néfastes sur les nutriments ; en effet, les teneurs en polyphénols, en métaux lourds, en résidus de pesticides ou encore en matière grasse peuvent varier en fonction des modes de production (Agriculture biologique, utilisation de semences paysannes…) ou de la constitution des rations alimentaires des animaux.